Научници са Универзитета у Санкт Петербургу, alma mater руског председника Владимира Путина, настављају научну битку са коронавирусом, те развијају нове алате који ће помоћи да се разоружа не само Covid-19, него и његови сродници. Дакле, биоинформатички Центар за алгоритамску биотехнологију Државног универзитета Санкт Петербург, заједно са колегама са Калифорнијског универзитета у Сан Дијегу, представио је асемблер metaviralSPAdes - нови метод који омогућује да се пронађе и састави геном вируса међу многим другим низовима.
Развој ће помоћи бржем и практичнијем дешифровању генома патогена, што значи да ће омогућити брзи почетак развоја тестних система и вакцина против опасних инфекција. Научни чланак објављен је у часопису Bioinformatics.
Када се човечанство суочи са новим вирусом, биолози пре свега требају да дешифрују његов геном, што је неопходно као услов за даљу дијагнозу болести и развој вакцине. Међутим, ако је потребно секвенцирање током избијања новог патогена, појављује се проблем. На пример, пљувачка пацијента са Covid-19, која је коришћена за прво декодирање коронавируса SARS-CoV-2, садржи геноме многих других, у већини случајева, безопасних вируса. Да не спомињемo стотине бактерија које живе у људским устима и отежавају претрагу вирусних низова.
Овај пример показује колико је важно бити у стању решити много сложенији рачунски проблем од дешифровања једног јединог генома - прикупљање метагенома, скупова стотина различитих генома микроорганизама који живе у истом окружењу. Тешкоћа лежи у чињеници да као резултат таквог рада можете добити хиљаде секвенци, међу којима ће бити фрагмената генетског кода и вируса и бактерија, а који се подаци односе на жељени патоген, врло је тешко разумети.
Поред тога, научници ће неминовно имати и други задатак - секвенцирање метавирома - чија је суштина да се тачно идентификују вирусне секвенце скривене међу много дужим фрагментима бактерија. Тада ће биоинформатика буквално постепено прикупити комплетни геном вируса, који је постао кривац епидемије.
Донедавно, истраживачи нису имали посебну методу која би омогућила прикупљање вирусних метагенома. Међутим, група руских и америчких научника са Државног универзитета у Санкт Петербургу и Калифорнијског универзитета у Сан Дијегу развила је МetaviralSPAdes анализу резултата секвенцирања метавирома што ју је претварило у једноставан задатак. Биолози и даље не могу читати читав геном на исти начин као што читамо књигу, од почетка до краја. Уместо тога, они читају мале фрагменте, тако да склапање генома није много другачије од састављања загонетке од милион фрагмената. Често се овај задатак сматра једним од најкомплекснијих алгоритамских проблема у биоинформатици. Па тако, он се може решити на пример, најчешће коришћени генски филтер SPAdes (Санкт Петербург асемблер), који је такође створио руско-амерички тим научника, данас се користи у готово 9.000 студија. Помоћу њега научници су анализирали патогене који су проузроковали епидемију респираторног синдрома на Блиском истоку (MERS) у Саудијској Арабији, еболу у Конгу, гонореју у Енглеској, менингитис у Гани, денга грозницу на Суматри и десетине других епидемија, које су се појавиле у последњих осам година од настанка SPAdes-а.
Не треба заборавити да је састављање метагенома из 1000 генома много сложеније од састављања секвенце једног генома. У овом случају морате да радите са 1000 засебних загонетки уместо једне - потребно је да сакупите „слику“, чији су фрагменти помешани са милијардама комада из других слагалица. Да би решио овај проблем, пре три године, руско-амерички тим научника развио је SPAdes методу која је, заузврат, постала водећи метагеномски алат. Помоћу ње, вађење вирусних низова из огромне количине података постало је лакше. Међутим, прикупљање са metaviralSPAdes-ом нове генерације може не само да пронађе фрагменте вирусних генома, већ и да из њих састави готову слагалицу - геном патогена.
Пандемија Covid-19 била је позив на узбуну биолозима који проучавају пренос вируса са животиње на човека и подсетила колико је важно проучавање различитих домаћина вируса, попут слепих мишева, који имају невиђен имуни систем који им омогућава да коегзистирају са многим патогенима, а који могу убити људе. Морамо сазнати од чега су слепи мишеви боловали пре, а не после пандемијског налета.
Наравно, попис вирусних генома разних животиња представља сложен рачунски проблем. Међутим, с metaviralSPAdes-ом, биолози сада могу много лакше реконструисати вирусне геноме слепих мишева или било који други потенцијални извор будућих пандемија.
Ситуација на дан 17:00, 11. новембар 2024. године
Вашингтон сматра украјинског лидера „превише привилегованим“ и могао би га сменити са власти, тврди Руска спољна обавештајна служба (СВР)
2024-11-11 13:38:16
Председник у мандату је другачији јер говори о миру у Украјини, изјавио је Дмитриј Песков
2024-11-11 00:12:49
Московска јесен, прохладан дан, обележила је почетак незаборавног путовања делегације коју је организовао Међународни друштвено-политички покрет „РУСОВ“. Ова делегација имала је част да посети зону Специјалне војне операције (СВО) и нове, поново придружене субјекте Руске Федерације — Луганску и Доњецку Народну Републику, као и Запорошку и Херсонску област.
2024-11-10 17:18:28
Тужну, претужну поруку добих данас од поглавара Белоруске Православне Цркве Московске Патријаршије, Високопреосвећеног Митрополита Минског Господина...
2024-11-10 16:37:23
Украјински лидер страхује да ће престати прилив новца из Вашингтона, изјавио је Роберт Фицо
2024-11-10 09:33:41
Москва је ратификовала билатерални стратешки безбедносни споразум са Пјонгјангом
2024-11-09 23:46:58
Кијев мора прихватити „реалистичну визију мира“ како би окончао сукоб с Русијом, изјавио је виши саветник новоизабраног председника САД
2024-11-09 23:41:29
Америчке власти су раније оптужиле становника Техерана да је припремао напад на новоизабраног председника
2024-11-09 20:16:48
Ирански држављанин оптужен је за убиство по наруџбини
2024-11-09 19:32:45
На завршној вечери 21. годишње скупштине Валдајског клуба у Сочију, Владимир Путин је и ове године одговорио на питање др Александра Раковића. Међу бројним експертима из целог света, Раковић ове године на Валдају није био једини Србин: Србију су представљали и др Ивона Лађевац и др Миша Ђурковић. Ево стенограма дијалога Раковић – Путин:
2024-11-08 20:55:22
Изабрани председник Доналд Трамп ће повући своју земљу из конфликта, а ЕУ не може сама да га финансира, изјавио је мађарски премијер
2024-11-08 18:56:31
Руски председник је изјавио да је РТ једини начин да Русија дође до Запада
2024-11-08 18:49:02
Битка за совјетску престоницу постала је једна од кључних током рата. Погледајте како је Москва изгледала у том страшном периоду и како изгледа данас
2024-11-07 21:51:28
Руски председник изјавио је да је спреман за разговоре са новим америчким лидером
2024-11-07 20:25:46
Министар финансија Кристијан Линднер морао је бити отпуштен због његове невољности да повећа финансирање за Кијев, изјавио је немачки канцелар Олаф Шолц
2024-11-07 20:18:12
Тим изабраног председника планира да примора Кијев да обустави аспирације ка НАТО-у, наводи извор
2024-11-07 19:14:26
Човечанство се удаљава од хегемоније и иде ка мултиполарности, изјавио је руски председник
2024-11-07 19:07:11
Као и новоизабрани амерички председник, словачки премијер Роберт Фицо преживео је покушај атентата
2024-11-06 23:29:20
Новоизабрани амерички председник раније је претио да ће окончати финансијску помоћ Кијеву
2024-11-06 19:29:39
НИС инвестирао више од 37 милијарди динара у капиталне пројекте
2024-11-06 18:47:25
Србија не треба да прихвати сваки компромис који понуде САД, доживљавајући га као „божји дар“ и максимум који се може постићи
2024-11-06 18:33:08
Републикански кандидат је захвалио америчком народу што га је изабрао за 47. председника Сједињених Америчких Држава
2024-11-06 09:57:54
Овај потез би ослободио мушкарце за фронтовске дужности, изјавила је Маријана Безугла
2024-11-05 11:30:02
Вашингтон је своју валуту претворио у оружје за потчињавање и кажњавање, изјавио је руски министар спољних послова
2024-11-05 11:25:07